基于基因芯片的TNF-α 诱导骨关节炎细胞模型生物信息学分析

摘要：

目的 骨关节炎(osteoarthritis,OA)是最常见的退行性慢性关节疾病,然而其具体的基因机制至今尚不完全清楚,通过基因芯片检测OA细胞模型的基因表达谱变化,为深入研究OA发病机制提供更多生物学依据.方法 胰酶结合胶原酶分离获得小鼠原代软骨细胞,以50 ng/mL的肿瘤坏死因子 α(TNF-α)孵育原代软骨细胞24 h制备OA细胞模型.收获细胞提取总RNA用于基因芯片检测,以表达差异倍数(fold change,FC)>2且P<0.01为条件筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用生物信息学软件对差异表达结果 进行基因功能分类体系(gene ontology,GO)、KEGG通路注释分析.结果原代软骨细胞经TNF-α 处理后,共筛选获得8096个表达上调DEG和6413个表达下调DEG,其中有诸如基质金属蛋白酶、炎性因子、基因凋亡及成骨相关基因等已知的OA相关的差异表达基因.此外,还有Olfml1等olfactomedin超家族成员、Nf1等未见报道的与OA相关的基因,尤其发现大量细胞色素超家族成员基因的异常表达,提示线粒体相关功能基因及信号途径可能与OA进程有重要关联.结论 项目从转录组水平整体分析了TNF-α 诱导的OA软骨细胞模型基因表达谱变化,为进一步深入探究OA发病机制提供了新思路.

关键词：骨关节炎、转录组、软骨细胞、基因芯片、肿瘤坏死因子α、小鼠

所属期刊栏目：29

分类号：R-33(医学研究方法)

资助基金：湖北省卫生和计划生育委员会基金资助WJ2017X016;江汉大学高层次人才科研启动项目06000026

在线出版日期：2019-08-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：53-60