用于四种常用品系大鼠鉴定的单核苷酸多态性标记筛查和应用研究

摘要：

目的 筛选出能快速鉴定四种常用品系大鼠[Wistar大鼠、Goto-Kakizaki(GK)大鼠、Brown-Norway(BN)大鼠、Sprague-Dawley(SD)大鼠]的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点并验证其可靠性.方法 首先对Wistar大鼠和GK大鼠进行全基因组重测序,利用生物信息学技术将重测序结果比对到BN大鼠参考基因组,筛查到Wistar大鼠和GK大鼠基因组范围内的特异性SNP,并从中进一步筛选出一组候选SNP位点,再利用一代测序和DNA混合池法对以上候选SNP位点在Wistar、GK、BN、SD四种大鼠群体中进一步筛查与验证.结果 Wistar和GK大鼠通过比对分别得到94800和106019个纯合特异性SNP,其中有56216个SNP为Wistar和GK大鼠所共有,且发现BN大鼠参考基因组、Wistar大鼠和GK大鼠三者基因型互不相同的位点仅有38个,从中挑选了15个作为候选SNP位点,最终在Wistar、GK、BN、SD四种大鼠群体验证中得到13个可以区分四个品系大鼠的SNP标记及其在各个品系中的基因型.结论 筛查并验证了能区分Wistar、GK、BN和SD四种大鼠的13个SNP标记,这些SNP标记可快速区分出Wistar、GK、BN和SD大鼠.

关键词：单核苷酸多态性、大鼠、测序、DNA混合池

所属期刊栏目：28

分类号：R-33(医学研究方法)

资助基金：国家科技支撑项目2015BAI07B01

在线出版日期：2018-12-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：36-41