虹鳟肝组织新转录本分析及基因结构优化

摘要：

目的 虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化.方法 以虹鳟肝为材料提取总RNA,构建cDNA文库,并利用Illumina双端测序Hiseq 2500平台进行测序.运用Cufflinks软件对测序数据进行组装,将其与虹鳟参考基因组进行序列比对.结果 发掘新转录本6555个,其中30个新转录本在热应激前后差异表达(P<0.05).与GO数据库比对对新转录本进行功能注释,获得3097个新转录本的注释.与KEGG数据库比对,共有3617个新转录本注释到284条代谢通路中.对19424个已注释基因的结构进行优化,延伸了14719个基因的5′端和14796个基因的3′端.结论 通过对发掘的6555个新转录本分析,并对19424个已注释基因结构优化,为虹鳟基因组注释信息的完善提供了有力的借鉴,并为进一步了解虹鳟热应激的机制提供更有力的理论基础.

关键词：虹鳟、转录组测序、新转录本、基因结构优化

所属期刊栏目：27

分类号：Q95-33(动物学)

资助基金：国家自然科学基金项目31660735

在线出版日期：2019-06-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：135-142