版纳微型猪近交系SRY基因编码区序列克隆及生物信息学分析

摘要：

目的 获得版纳微型猪近交系(BMI) SRY基因编码区序列并进行分子系统进化研究.方法 以看家基因GAPDH为内参,对BMI猪的SRY基因编码区序列进行PCR扩增、克隆和序列分析,并应用Lasergene、BioEdit、ClustalX、MEGA等生物信息学软件同鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹等15个物种相应SRY编码区核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对分析,在此基础上采用NJ和ME法对其编码区氨基酸序列构建了分子系统进化树.结果 BMI猪SRY基因编码区序列长711 bp,编码236个氨基酸,GenBank登录号为GU991615.BMI猪与鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹的SRY基因编码区核苷酸序列相似性分别为83.7％、82.8％、78.4％、78.0％、76.9％、73.3％、73.1％、73.0％、72.9％、72.7％、72.7％、72.2％、71.6％、71.3％、70.8％,相应的氨基酸序列相似性分别为72.8％、54.5％、67.3％、64.5％、61.5％、61.9％、59.5％、61.4％、62.0％、59.1％、59.0％、62.0％、59.6％、59.6％、59.2％.结论 BMI猪同鲸鱼等15个物种的SRY基因编码区核苷酸和相应氨基酸序列具有较高的保守性.NJ和ME方法聚类构建的分子系统进化树表明,BMI猪与牛、绵羊、鹿聚为一个分支,符合分类学地位,它们分别为偶蹄目下的猪科、牛科和鹿科动物.

关键词：版纳微型猪近交系、SRY基因、序列分析、系统进化树

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分类号：Q95-33(动物学)

资助基金：云南省教育厅科学研究基金项目2010C253;云南农业大学动物科学技术学院科学研究基金项目YNDKKY1005

在线出版日期：2011-11-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：324-330,319