禽流感病毒分离株NS基因同源性及等位基因类型分析

摘要：

目的克隆测定国内具有代表性的禽流感病毒(AIV)的非结构(NS)蛋白基因核苷酸序列,分析其同源性和等位基因类型,为进一步探索禽流感NS蛋白抗体监测方法奠定基础.方法经RT-PCR扩增了国内3株H9N2、2株H5N1、2株H7N2亚型AIV分离株的NS蛋白基因,并把扩增的基因片段克隆到pGEM-T载体中测序,将测序结果与GenBank中的核苷酸序列进行同源性比较,绘制基因进化树.结果经测序获得了各AIV分离株NS基因的完整编码序列.同源性分析表明,3株H9亚型AIV的NS基因之间的同源性为96%～98%;两株H5亚型AIV NS基因同源性为91.6%;两株H7亚型AIV的NS基因同源性为98.9%.H5和H9亚型分离株的NS基因之间的同源性均高于90%;而H7N2亚型分离株与其它两种亚型分离株的NS基因同源性约为60%～70%.在AIV NS基因系统发育进化树中, H5、H9亚型分离株都处于等位基因A群内;3株H9亚型分离株的进化关系较近,与香港、广东的部分H5N1病毒株起源相同,而2株H5病毒的NS基因则处于不同分枝内;2株H7亚型分离株的NS基因都处于等位基因B群内,进化关系较近.结论这7株国内AIV分离株的NS基因之间的同源性差异较大,约为60%～99%,且包括A、B两种类型的等位基因.

关键词：等位基因、序列同源性、氨基酸

所属期刊栏目：13

分类号：R373.1(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家科技攻关项目

在线出版日期：2005-04-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：11-15