AllType NGS11位点测序试剂在HLA-DPB1基因分型中的模棱两可结果分析

摘要：

目的 统计分析AllType NGS11位点测序试剂在Ion Torrent S5和Illumina Miseq 2种二代测序平台对HL4-DPB1基因进行分型检测时的模棱两可结果情况.方法 采用One Lambda公司AllType NGS11位点测序试剂盒检测434个患者或供者标本的HLA-DPB1基因,其中在Ion Torrent S5测序平台上检测了 336个标本,在Illumina Miseq测序平台上检测了 98个标本;并同步对434份标本采用PCR-SSO流式磁珠法复核HLA-DPB1基因.对HLA-DPB1*13:01:01/107:01模棱两可等位基因,采用Sanger测序法检测区分.使用TypeStream Visual专业软件指定NGS法的HLA-DPB1基因分型结果,直接计数法统计分析模棱两可组合比例.结果 NGS法以HLA-DPB1命名*后第3区域数字作为高分辨结果进行统计,434个标本中共有357个标本出现模棱两可结果,占82.3％(357/434);其中Ion Torrent S5测序平台336个标本有275个标本存在模棱两可结果,占81.8％(275/336),表现出45种类型;Illu-mina Miseq 测 序平台 98个标本有82个标本存在模棱两可结果,占83.7％(82/98),表现出27种类型.所有标本HLA-DPB1基因经PCR-SSO法复核,未发现NGS法漏检HLA-DPB1等位基因情况.Sanger测序法检测区分41个标本,共43个HLA-DPB1*13:01:01/107:01模棱两可的等位基因,发现HLA-DPB1 *13:01:01等位基因为25个,占58.1％(25/43);HLA-DPB1*107:01 等位基因为 18 个,占 41.9％(18/43).结论 应用 AllType NGS11 位点测序试剂仍有较高比例的HLA-DPB1基因模棱两可组合结果.利用Sanger测序法分析HLA-DPB1基因1号外显子可区分解决部分HLA-DPB1* 13:01:01/107:01模棱两可等位基因.

关键词：二代测序、HLA-DPB1基因、模棱两可、测序分析

所属期刊栏目：36

分类号：R457.1+1(治疗学)

资助基金：浙江省医药卫生科技计划项目;浙江省医药卫生科技计划项目

在线出版日期：2023-03-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

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