相关疫苗上市后中国大陆肠道病毒71型C4亚型的分子流行特征分析

摘要：

目的 分析相关疫苗上市后中国大陆肠道病毒71型(enterovirus type 71,EV71)C4亚型的分子流行特征.方法 基于贝叶斯的马尔可夫链蒙特卡罗(markov chain monte carlo,MCMC)分析方法,对EV71疫苗上市前后中国大陆EV71毒株VP1基因相似性进行比较.应用贝叶斯天际线模型和SpreaD3 v0.9.6软件对中国大陆C4亚型病毒进行系统发生地理学分析,通过绘制贝叶斯天际线图描绘种群动态历史变化,并应用EasyCodeML软件分析正选择压力位点.结果 中国大陆EV71 C4亚型VP1基因序列的平均进化速率为2.25×10-3site/year,C4a亚型毒株平均进化速率为3.1×10-3 site/year;EV71 C4亚型的起源可追溯至1990年的华东地区,C4a亚型可能起源于1999年.2002-2007年C4亚型经历了种群规模扩张,种群规模于2007年达峰值,且在EV71疫苗上市后仍保持较高水平.C4亚型病毒VP1基因中有5个氨基酸位点承受正选择压力,比对分析EV71疫苗上市后2015-2018年C4亚型病毒序列,筛选到VP1基因第289位点承受正选择压力.结论 本研究揭示了 EV71 C4亚型的遗传进化信息,为制定手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的防控策略提供了科学的数据支持.

关键词：手足口病、肠道病毒71型、C4亚型、进化特征、正选择压力、中国大陆

所属期刊栏目：35

分类号：R183(流行病学与防疫)

资助基金：国家科技重大专项2018ZX09737-011

在线出版日期：2023-01-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1366-1371