牛miR-504靶基因对奶牛乳房炎调控机制的预测分析
目的 预测分析牛miR-504(bta-miR-504)靶基因对奶牛乳房炎的调控机制.方法 应用miRBASE数据库检索并分析miR-504成熟序列在不同物种中的保守性,TargetScan及miRWalk软件预测bta-miR-504的靶基因,DAVID在线软件对靶基因进行GO分类统计注释分析和KEGG通路注释分析,STRING在线软件和Cytoscape软件进行蛋白相互作用分析,采用Cytohubba软件中的11种方法计算并分析候选靶基因中的核心基因.结果 miR-504成熟区序列在不同物种间呈高度保守.共筛选出477个bta-miR-504候选靶基因,其参与的主要生物过程包括细胞内信号转导、细胞内蛋白转运和负调控MAPK活性等,显著富集于癌症、内吞、Ras、雌激素和胰岛素信号通路.与候选靶基因编码蛋白存在较多互作关系的蛋白包括TOLLIP、RIK3Rl、TRAF6、EGFR、FBXL20、FBXL18、FBX041、FBXL12等,其编码基因参与癌症、催乳激素、雌性激素、胰岛素、NF-kappa B、AMPK、Ras、TNF及心肌细胞肾上腺激素等信号通路.bta-miR-504 候选靶基因调控网络中的核心基因为 TRAF6 和 CFTR.结论 bta-miR-504核心候选靶基因TRAF6和CFTR可能通过AMPK、Ras、Hepatitis C和Measles信号通路参与奶牛乳房炎的调控作用.
miR-504、靶基因预测、乳房炎、信号通路、调控网络
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S823.2(家畜)
国家现代农业奶牛产业技术体系建设项目;宁夏回族自治区重点研发计划项目;宁夏优势特色牛产业科技创新团队;宁夏大学高层次人才启动经费
2021-08-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共7页
804-810
