生物信息学方法预测高分子蛋白质twitchin的一级结构

摘要：

目的 预测高分子蛋白质twitchin基因的exon-intron结构,并确定其一级结构及结构域.方法 利用生物信息学方法,从霸王莲花青螺(Lottia gigantea)基因组数据中探索有无twitchin的基因,预测twitchin的基因exon-intron 结构及twitchin mRNA组成,从而确定该蛋白的一级结构,并检测其结构域;与同源蛋白进行序列比对,绘制系统树,了解其在系统进化中的位置.结果 在霸王莲花青螺基因组数据中存在twitchin的基因,且该蛋白基因在基因组中横跨220 000 bp的序列区域(「sca_38」的149 839-367 346区域),预测编码twitchin的mRNA约由13000bp组成,推算相对分子质量约为480 000,该蛋白由Ig、Fn、kinase结构域和unique序列组成,与贻贝twitchin相比较,他们之间具有较高的同源性.结论 在霸王莲花青螺中存在twitchin的基因,预测和确定了该蛋白质的一级结构.

关键词：生物信息学、基因组、twitchin、同源蛋白

所属期刊栏目：28

分类号：Q-4;Q516(生物科学教育与普及)

资助基金：国家“十二五”科技支撑计划项目2014BAI13B03;国家自然科学基金项目81460248、81260457;内蒙古自然科学基金2012MS1121、2012MS1126、2013MS1138;内蒙古自治区科技重大专项;内蒙古自治区科技计划项目20120101、20120402、20110501;内蒙古医科大学博士基金bsjj201-404;内蒙古自治区卫计委科研项目201301035.

在线出版日期：2015-04-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：138-141