影响禽流感病毒(H3N2/H4N6)感染机制的生物信息学分析

摘要：

目的 通过生物信息学分析禽流感病毒WDK/ST/27 /03(H3N2)和Dk/ST/472/03 (H4N6) HA、NA氨基酸序列,进一步探讨影响禽流感病毒感染血液肿瘤细胞株K-562和HL-60的机制.方法 RT-PCR扩增WDK/ST/27/03 (H3N2)和Dk/ST/472/03 (H4N6) HA、NA基因,经1％琼脂糖凝胶电泳鉴定,对纯化的PCR产物进行测序.在GenBank中选取登录的H3N2和H4N6序列,利用在线生物信息工具ClustalW2 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/)对这些序列和WDK/ST/27/03 (H3N2)和Dk/ST/472/03 (H4N6) HA、NA氨基酸序列进行比对分析.结果 RT-PCR扩增产物的大小与预期相符.生物信息学分析显示,WDK/ST/27/03(H3N2) HA的裂解位点是QNR*GLFG,Dk/ST/472/03 (H4N6) HA的裂解位点是KAAR*GLFG,此位置的氨基酸无变化.HA的226位氨基酸为Gln(Q),228位氨基酸为Gly(G),具有禽流感病毒HA受体结合位点的特征,影响受体结合的位点98Y、136S、152W、183H,190E、194L、222W、225G、227S未见变异.NA活性位点及影响酶活的位点均无变异,但WDK/ST/27/03(H3N2) NA在接近N-末端的茎部61～79位缺失19个氨基酸,致使NA茎部变短,且丢失2个潜在的糖基化位点.结论 WDK/ST/27/03(H3N2)的NA茎部缺失突变可能是造成其吸附、繁殖和复制能力低于Dk/ST/472/03 (H4N6)的一个因素.

关键词：流感病毒、血细胞凝集素、神经氨酸酶、生物信息学

所属期刊栏目：26

分类号：R373.1+3(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：吉林省自然科学基金201115090

在线出版日期：2013-09-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1078-1083