水痘-带状疱疹病毒VZV84-7株全基因序列测定及分析
目的 分析我国自行分离的水痘-带状疱疹病毒疫苗株北京株(VZV84-7株)的全基因序列及特征.方法 采用超速离心法获得纯化病毒颗粒,酚-氯仿法抽提病毒基因组DNA后超声破碎,回收1 500～3 000 bp的片段,克隆至质粒pUC18中,构建病毒DNA文库,进行测序及序列分析,并与Dumas野毒株进行比较,绘制种系发育树,分析其与其他株VZV的同源性.结果 VZV84-7株基因组全长125 083 bp,G+C含量为46.1%.基因组各区段长度及G+C含量分别为:UL:104 746 bp,G+C:44.3%;TRL和IRL:各89 bp,G+C:69.7%;Us:5 235 bp,G+C:42.8%;TRS和IRS:各7 462 bp,G+C:59.3%.其R2可变区重复单位的拷贝数为7个,R4可变区为9个,R5可变区为1个.VZV84-7株共有71个ORFs,其中3个基因位于重复序列区,位于IRS的ORF 69～71与位于TRS的ORF 62～64序列完全一致.与Dumas株相比,共有248个核苷酸位置存在差异,大部分突变为单个核苷酸替换,另有部分插入或缺失性突变.其中碱基转换比碱基颠换更常见,发生率分别为66%和34%.种系发育分析结果显示,VZV84-7株与其他株VZV的同源性为95%以上.结论 VZV84-7株具有其独特的基因特征,但与其他株VZV具有较高的同源性.
水痘-带状疱疹病毒、基因、序列
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R373.1~+2;QTS9(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)
2010-04-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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