口蹄疫病毒WFL株2C-P3-3'NCR片段的克隆及适于设计siRNA的序列分析

摘要：

目的 筛选出口蹄疫病毒(FMDV)基因组上适于设计siRNA的基因片段.方法 以FMDV WFL株RNA为模板,用3'RACE法扩增出2C-P3-3'NCR序列,将PCR扩增片段克隆到pMD18-T载体上,转化E.coli DH5α,筛选阳性重组子,进行序列测定,并与参考毒株序列比较.结果 扩增的基因片段大小为4 033 bp,其2C、P3和3'NCR序列的核苷酸序列与参考毒株的同源性分别为87.11%～94.23%、84.91%～96.66%和66.98%～82.35%,2C和P3与参考毒株的氨基酸同源性分别为94.97%～99.39%和91.84%～98.55%,WFL株P3基因的第1 150～1 270、1 680～1 840和2 080～2 490 bp以及2C基因的第354～470 bp范围内与参考毒株具有高度保守的特性.因此,可以依据siRNA设计原则,在这4个区域内筛选抑制效果好的siRNA.结论 成功克隆了FMDV WFL株2C-P3-3'NCR基因的序列,并筛选出4个适于设计siRNA的基因区段.

关键词：口蹄疫病毒、基因组、小干扰RNA、克隆、序列分析

所属期刊栏目：20

分类号：S855.3(动物医学（兽医学）)

资助基金：军事医学科学院基金;吉林省科技厅科技发展计划20050549

在线出版日期：2007-08-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：489-492