4对猴空泡病毒40核酸检测引物的生物信息学分析

摘要：

目的 从引物设计的合理性、扩增片段的保守性、检出目的 片段的敏感性等方面比较4对猴空泡病毒40(SV40)核酸检测引物之间的差异,为寻找保守性好、稳定高效的SV40核酸序列检测法提供理论基础.方法 以目前已知的23个不同SV40毒株完全基因组为基础数据,用DNAMAN 6.0.40软件对4对引物及其扩增片段的保守性进行分析;用clust-alX1.83软件对23个SV40基因组序列进行多重序列对齐分析;用Tree View 1.6.6软件构建系统进化树;用Oligo 6.71软件对4对引物的特性进行分析.结果 对于接受号为DQ218418病毒株而言,4对引物的序列均不保守;对于接受号为J02400、NC_001669、AF316139和AF316141的4个病毒株而言,引物对GCVp1和GCT的序列是保守的;对于除了DQ218418之外的病毒株而言,引物对VP1的序列是保守的;对于除了DQ218418、AF180737之外的病毒株而言,引物对T的序列是保守的.结论 目前通用的SV40核酸检测引物针对的SV40病毒株只有4个,本室合成的检测引物针对的病毒株有21个;本室设计的SV40检测引物和通用引物相比具有保守性好、适用性广、参数理想等优点;对于某些高度变异的毒株,应单独进行引物设计.

关键词：猴空泡病毒40、PCR引物、多重序列比对、生物信息学

所属期刊栏目：20

分类号：R392-33

在线出版日期：2007-07-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：409-412