一个RNA剪接调控元件分类方法的研究

摘要：

序列分类方法被广泛应用于各种生物信息学问题,例如转录调控元件识别和蛋白结构预测.本研究设计了一个新的基于序列特征的分类方法,并将其用于RNA剪接调控元件的研究.该方法从已知剪接元件中抽取序列特征,构建一个打分算法,由此预测未知元件RNA剪接调控功能.作为应用实例,采用已知外显子剪接增强子和沉默子(ESE和ESS)八联体作为实验数据,对本方法和若干已知常用方法的预测结果进行比较,3类计算验证实验中的平均预测精度为93％,表现出良好预测精度,且其透明的预测结构可帮助进行生物解释.该研究提供了一种可用于分析生物序列数据的新方法,给出了一个从生物信息学角度来研究基因调控问题的新途径.

关键词：数据挖掘、序列特征、选择性剪接、剪接调控元件

所属期刊栏目：31

分类号：R318(医用一般科学)

资助基金：American Heart Association for Z.W0865329E;国家青年自然科学基金81000321;安徽省高校省自然科学基金KJ2010B385;安徽大学博士科研启动基金02303319

在线出版日期：2012-04-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：45-52