采用粒子群优化的基因转录差异分析模型

摘要：

高通测序技术可以更加全面地检测实验样本中基因转录水平,这使得对样本间基因转录差异的分析精度越来越准确.根据通过DNA高通测序技术获得的基因转录区内Pol Ⅱ蛋白个数,提出了两个样本间基因转录差异分析模型.该模型在考虑同一基因间转录差异的同时,引入了全基因的转录分布特性以提高模型分析精度.模型采用预测概率最大化统计算法进行参数求取.在概率最大化步骤中,由于难以得到模型参数解析解和提高算法效率,采用粒子群优化算法直接进行求取模型参数数值解.乳腺癌实验数据测试表明,该模型可有效分析不同样本间基因转录差异.

关键词：基因、转录差异、粒子群、分析模型

所属期刊栏目：29

分类号：Q332(人工选择与自然选择)

资助基金：国家高技术研究发展863计划2008AA01Z148

在线出版日期：2010-06-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：229-234