RNA二级结构计算特征分析

摘要：

RNA二级结构预测方法可视为一个分类问题,即根据单条序列或多条序列给出的信息,判断任意两个位点能否构成碱基对.现有各种预测方法对所用计算特征的选择都是基于定性分析,没有统一的标准.在总结现有RNA结构预测方法中采用的各类计算特征的基础上,利用特征选择技术中的过滤和封装方法,结合支持向量机分类算法,对它们的分类能力进行定量比较分析,找出适于RNA二级结构预测的最优分类特征子集,包括热力学信息、共变信息和进化信息.在49组Rfam家族上的测试结果显示,相比现存定性选择的特征子集,所选特征子集能得到更好的预测结果.

关键词：RNA结构预测、分类、计算特征、特征选择

所属期刊栏目：29

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

在线出版日期：2010-04-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：86-92,99