同胞对间全基因组表达差异与SNP位点血缘一致性相关分析

摘要：

研究影响基因表达差异的调控机制对研究人类复杂性状的遗传机制具有重要意义.采用logistic回归分析方法,对基因在家系同胞对间是否存在较大表达差异与同胞对在SNPs位点共享同源等位基因的概率做回归分析,从而克服线性模型的束缚,并且考虑到多个SNPs对基因表达的共同作用.选取14个CEPH三代家系的378个同胞对作为研究对象,对个体间差异显著的3 554个基因在2 492个SNPs位点上进行全基因组扫描,得到与3 101个基因在同胞对间是否存在较大表达差异显著相关的SNPs位点(P<0.001),并分析基因相应的cis、trans调控位点.结果表明,人类基因在同胞对间是否存在较大表达差异,与SNP位点血缘一致性有显著相关;结果还发现,存在多个基因的表达水平,在同胞对间是否存在较大差异都与同一SNP显著相关;将这些基因进行聚类,并且对其进行功能富集研究,发现在某些GO注释上存在显著富集现象.

关键词：基因表达、SNPs、表达差异、IBD、Logistic回归

所属期刊栏目：28

分类号：R318(医用一般科学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目30571034,30370798;国家高技术研究发展863计划2007AA02Z329;北京市教育委员会科技发展计划

在线出版日期：2009-09-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：445-448