结合蛋白质互作与功能类的可分性预测蛋白质功能

摘要：

当前蛋白质功能注释体系的欠完备性限制了生物学及医药研究的进一步发展和应用,有必要将基因本体功能知识体系 (GO)的功能注释信息进一步深化,把蛋白质注释到GO中更具体的功能节点.为此,提出一种结合互作信息的新的预测策略,将酵母蛋白质准确地预测到更具体的功能类中.针对GO中的每个候选预测空间来构建分类器,并选用功能类分离性指标对候选预测空间进行评价,选出该指标大于一定阈值的候选预测空间,再将父节点中的蛋白质预测到子节点中.通过扩展深化预测的范围,可将预测空间一直上溯到根节点,对蛋白质功能进行深层预测,得到很好的预测结果.以上溯两层的预测空间为例,平均真阳性率和覆盖率分别达到94.02%和95.82%.

关键词：蛋白质功能深化预测、基因本体功能知识体系(GO)、预测空间

所属期刊栏目：28

分类号：R318.08(医用一般科学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目30571034,30370798,30570424, 30600367;2006年北京市新世纪百千万人才工程、北京市教育委员会科技发展计划资助项目KM200610025011

在线出版日期：2009-06-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：270-274