海洋贝莱斯芽胞杆菌Bam-6全基因组测序及生物信息分析

摘要：

贝莱斯芽胞杆菌Bam-6 对柑橘溃疡病等植物病原菌具有较强抗菌活性,同时具有杀灭桃蚜的作用,为挖掘Bam-6 特殊功能基因及基因簇,深入研究其抑菌杀虫机制,采用第二代BGISEQ与第三代PacBio平台相结合的测序技术对Bam-6 进行全基因组测序,并对测序数据进行基因组组装、基因预测与功能注释、共线性分析、次级代谢产物合成基因簇预测和比较基因组分析等.Bam-6 全基因组全长为 3928774 bp,GC含量为 46.53％,共编码 3861 个ORF,含有 86 个tRNA基因、27 个rRNA、0 个sRNA、122 个串联重复序列和 2个卫星RNA.在NR、Swiss-Prot、eggNOG、GO和KEGG数据库分别注释到基因 3840、2156、3485、3319和 2721个.同时,生物信息学分析表明此菌株基因组中有 12个次级代谢产物基因簇,包括 3个未知功能的基因簇、8个相似度较高的抗生素合成基因簇(surfactin、macrolactin H、fengycin、bacillaene、difficidin、bacillibactin、bacilysin和mersacidin)和 1个相似度仅为 7％的抗生素基因簇(butirosinA/B).与其它贝莱斯芽胞杆菌相比,Bam-6中存在许多相似度低的ORFs,有 22个特异基因簇,有 2个特有单拷贝基因分别编码类细菌素WGxF蛋白和乳球菌素 972.本研究为解析菌株Bam-6 的抑菌杀蚜机制从基因组层面上提供了基础数据,为深入了解贝莱斯芽胞杆菌次级代谢产物的合成途径提供提供参考信息,对菌株Bam-6 后续相关研究具有重要意义.

关键词：贝莱斯芽胞杆菌、基因组、基因注释、次级代谢

所属期刊栏目：39

分类号：S476(各种防治方法)

资助基金：江西省重点研发项目;江西省科学院包干制试点示范项目

在线出版日期：2023-05-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共15页

页码：438-452