缺血性脑卒中患者恢复稳定期外周血单个核细胞中差异表达基因的生物信息学研究

摘要：

目的 分析缺血性脑卒中(IS)患者恢复稳定期外周血单个核细胞(PBMCs)中的差异表达基因,为探讨脑卒中恢复稳定期的遗传病理机制提供生物信息学线索.方法选择GEO数据库中GDS4521芯片数据,该芯片以年龄、性别相匹配的20例IS恢复稳定期(脑卒中发生至少6个月以上)患者和20例未发生过脑卒中者作为研究对象,收集其PBMCs进行基因芯片检测,利用GEO2R、DAVID、g:profiler和String等工具,筛选和分析差异表达基因功能富集和相关信号通路情况.结果脑卒中恢复稳定期组与对照组相比,在PBMCs中发现37个基因表达明显变化,其中34个上升,3个下降.GO分析表明,这些差异表达基因在生物过程方面,以炎性反应、中性粒细胞趋化相关基因为最多;在分子功能方面,以趋化因子活性相关基因为最多.KEGG信号通路分析表明,位于TNF信号通路中的差异表达基因数量最多.相互作用网络图揭示,这些差异基因主要以与炎性反应相关的两个网络为主.结论IS发生超过6个月后仍有多种功能蛋白和信号通路可能发生改变,特别是与炎性反应相关的蛋白和信号通路,提示炎性反应在IS的恢复稳定期仍可能对疾病的预后和再发起作用.

关键词：缺血性卒中、生物信息学、基因芯片、差异表达基因

所属期刊栏目：24

分类号：R743.3(神经病学与精神病学)

资助基金：国家自然科学基金面上项目81571203;上海市自然科学基金项目15ZR1437200;上海市浦东新区卫生系统领先人才培养计划PWR12014-05;上海市医学重点专科建设计划项目ZK2015B16;上海市卫计委科研项目201540394;上海市卫生计生系统优秀学科带头人百人计划2017BR051

在线出版日期：2017-11-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：318-323