基于水稻基因组序列SSR的多态性分析

摘要：

根据Monsanto公司所发布的6655个序列[由简单重复序列(SSR)及其两翼各100个碱基组成],通过生物信息学的方法,找到了在籼稻(Oryza sativa subsp.indica)品种93-11与粳稻(Oryza sativa subsp.japonica)品种日本晴的基因组序列中匹配最好的1453个同源位点.在这些位点中,93-11和日本晴中分别搜索到了1449个和1451个SSR.通过对SSR的分类比较,发现在93-11和日本晴的相同位点存在1175个具有相同基序的SSR,其中371个具有相同的基序和重复个数,804个具有相同的基序但重复次数有差异.具有相同基序但重复次数有差异的SSR类型中,频率最高的是2个核苷酸的重复子,占62.94%,基序为5个和6个核苷酸的SSR则较少.对水稻这两个品种相应区域SSR的多态性比较分析,揭示了用这些特定类型的SSR可以在这两个品种的特定区域发展新的SSR标记,并为研究这两个品种之间遗传变异、基因组功能之间的差异等提供依据.

关键词：简单重复序列、水稻、多态性

所属期刊栏目：19

分类号：Q943;S330;S511.03(植物学)

在线出版日期：2005-08-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：303-307