稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布

摘要：

利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果,对该植物病原真菌基因组中的微卫星(SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析.在已经公布的37.89 Mb的基因组序列中,共有16 398个由1～6个核苷酸为基序的SSR序列(匹配值为80%),其总长度占整个基因组碱基数的0.87%,平均2.31kb碱基中就分布有1个大于15 bp的SSR.其中数量最多的是单碱基重复,达到4 392个,其次为三碱基重复序列(3 586个),五碱基重复序列(3 442个),这3种SSR总数达11420个,占SSR的69.7%.数量最少的是二碱基重复序列,只有680个.在整个基因组中的主要基序有A,AG,AC,ACG,AGC,AAG,GGC,ACCT,ATCC,AAAG,AAAAG,AAAAT,AAAAC,AAAAAG,AAAAAT和AACTAG.有的基序类型则完全没有出现.对不同超级连锁群的分析结果表明,各连锁群之间的SSR分布有一定差异,但总体上仍是较为均衡的.这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础.

关键词：稻瘟病菌、基因组、微卫星序列、频率、分布、遗传标记

所属期刊栏目：18

分类号：S51;S43

资助基金：国家自然科学基金30360061;云南省自然科学基金1999C0008Z

在线出版日期：2004-07-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：269-273