羊口疮病毒SYBR Green Ⅰ qPCR方法建立及VIR基因的遗传演化分析

摘要：

目的 为快速、高效、准确地检出羊口疮病毒(ORFV),并进一步明确皖北地区羊群ORFV流行毒株的遗传变异情况.方法 本研究基于ORFV F1L基因建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR(qPCR)方法,对皖北地区羊场开展ORFV检测,并从阳性病料中PCR扩增ORFV的完整VIR基因,直接测序后进行遗传演化分析.结果 所建立ORFV SYBR Green Ⅰ qPCR方法的线性关系良好,R2=0.994;扩增效率高,E％=95.62％;检测速度快,理论反应时间约15 min;灵敏度较高,检测下限为10 copies/μL,是普通PCR法的100倍;重复性良好,组内和组间变异系数分别为0.44％～1.14％和2.82％～3.16％.用该qPCR方法对采集自皖北地区的168份羊临床样本进行检测,其ORFV阳性率为37.5％(63/168).PCR扩增阳性样本中ORFV的完整VIR基因并直接测序,共获得52条全长VIR基因序列,其中21条来源于山羊,31条来源于绵羊.52条VIR基因间核苷酸序列及氨基酸序列的一致性分别为95.8％～100.0％和93.5％～100.0％,与参考毒株VIR基因核苷酸序列及氨基酸序列的一致性分别为95.1％～100.0％和91.3％～100.0％.基于ORFVVIR基因的遗传进化树分析显示,本次检测的21株山羊源ORFV毒株与8株国内外山羊源参考毒株和1株人源hChi17.2017参考毒株位于同一大分支,而本次检测的31株绵羊源ORFV毒株与7株国内外绵羊源参考毒株、1株人源hMbu15参考毒株及1株OV-V疫苗毒株位于遗传距离较远的另一大分支.结论 建立了用于检测ORFV的高效、快捷、特异、灵敏、稳定的SYBR GreenⅠqPCR方法.从临床样本中检测到的不同宿主来源ORFV的VIR基因间存在较大遗传差异.该研究结果可为ORFV的临床监测、检测、诊断及防控提供参考和指导.

关键词：羊口疮病毒、荧光定量PCR、F1L基因、VIR基因、遗传演化分析

所属期刊栏目：39

分类号：R373.9(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

在线出版日期：2023-10-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：772-779