2018-2020年上海市登革1型病毒全基因组序列特征研究

摘要：

目的 研究2018-2020年上海市本地感染及输入性来源登革1型病毒(Dengue Serotype 1 virus,DENV-1)分离株全基因组序列特征.方法 收集登革热疑似病例血清样本,对DENV-1阳性样本进行病毒分离、全基因组扩增与测序,进一步通过构建进化树对全基因组序列进行同源性分析、核苷酸序列及氨基酸序列相似性分析、编码蛋白氨基酸位点差异分析.结果 从88份DENV-1阳性样本中获得31株分离株的全基因组核苷酸序列,其中3株为本地感染病例来源,28株为输入病例来源.进化分析显示,28株分离株的基因型为G-Ⅰ型,与G-Ⅰ型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.47％～97.37％(98.78％～99.16％);3株分离株的基因型为G-Ⅳ型,与G-Ⅳ型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.66％～96.86％(99.01％～99.26％);3株本地感染病例来源分离株均为G-Ⅰ型,根据同源性分析,存在输入性病例引起本地感染可能.分离株与对照株比较各结构蛋白与非结构蛋白氨基酸位点均存在差异,其中E蛋白的495个氨基酸位点中,有31个位点存在差异.结论 2018-2020年上海市DENV-1包含G-Ⅰ与G-Ⅳ两种基因型,以G-Ⅰ型为主;首次分离得到3株上海市本地感染病例来源DENV-1,为G-Ⅰ型,存在输入性病例引起本地感染可能.

关键词：登革热、登革1型病毒、全基因组测序、同源性分析、氨基酸位点分析

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分类号：R373.3(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：上海市卫生和计划生育委员会科研课题;上海市公共卫生体系建设三年行动计划

在线出版日期：2022-08-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：507-514