弓形虫急性感染小鼠肺组织的转录组分析

摘要：

目的 本研究旨在了解弓形虫感染小鼠肺组织转录组的变化.方法 取感染和未感染弓形虫的小鼠肺组织提取总RNA并制备cDNA文库,采用BGISEQ-500测序平台对文库进行高通量转录组测序.从测序结果中筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并随机筛选 10个差异表达基因利用实时荧光定量 PCR(quantitative real time PCR,q-PCR)对其表达量进行验证.对总的差异表达基因进行Gene Ontology(GO)富集分析、Kyoto Encyclopedia of Genes and Ge-nomes(KEGG)富集分析和关键驱动基因(Key driver gene analysis,KDA)分析.结果 总共筛选到286个差异表达基因,其中上调基因234个,下调基因52个.随机筛选的10个差异表达基因的q-PCR结果与测序结果的变化趋势一致,说明转录组测序结果可靠.GO分析结果显示差异表达基因主要与免疫和细胞因子相关.KEGG富集分析结果显示与细胞因子相关的通路:细胞因子与细胞因子受体互作和趋化因子信号通路被显著富集,分别为Top1和Top4.对两条通路中显著富集的24个差异表达基因进行KDA分析,共筛选到10个关键驱动基因:Tnf、Cxcl10、Il10、Ccl2、Ifng、Cxcl9、Cxcr2、Ccr5、Ccl4和Ccl7.结论 在弓形虫感染小鼠的肺组织中,Tnf、Cxcl10、Il10、Ccl2、Ifng、Cxcl9、Cxcr2、Ccr5、Ccl4、Ccl7可能发挥了重要作用.

关键词：刚地弓形虫、肺、关键驱动基因、RNA-seq、q-PCR

所属期刊栏目：37

分类号：R382.5(医学寄生虫学)

资助基金：重庆市科学技术委员会资助;重庆市教委资助

在线出版日期：2021-05-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：203-211