云南中缅边境登革1型病毒全基因组序列特征研究

摘要：

目的 阐明云南省中缅边境地区2013-2015年14株登革1型病毒(DENV-1)全基因组序列特征.方法 采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-1的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析.结果 从登革热患者血清中分离到14株DENV-1,其中瑞丽市9株,临沧市3株,昆明市2株.经RT-PCR和序列测定,获得这14株DENV-1的全基因组序列(10 735nt),其开放读码框(95-10 271)编码3 392个氨基酸.系统进化和同源性分析表明,13株为基因Ⅰ型(G-Ⅰ),其中瑞丽和临沧本地病例7株,缅甸输入性病例6株;1株为G-Ⅲ(昆明的印度输入性病例).云南13株G-Ⅰ可分为2个进化群,但均与缅甸、泰国等东南亚流行株具有较近的亲缘关系.云南13株G-Ⅰ的E基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.02％-100％和98.78％-100％,它们与6株东南亚G-Ⅰ参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.53％-99.53％和97.33％-100％,与DENV-1原型株US_Ha-waii核苷酸和氨基酸同源性分别为93.76％-94.45％和95.86％-96.91％.所有云南株和东南亚参考株与US_ Hawaii株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点分别存在44和150个位点差异.结论 云南中缅边境地区2013-2015年流行的DENV-1均为G-Ⅰ,并具有基因多样性特点但均为来自缅甸的多个传播来源.

关键词：登革1型病毒、全基因组、系统进化分析、同源性分析、氨基酸位点分析

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分类号：R373.3(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家十三、五重大专项2016YFC1200100;全军青年培育项目15QNP035;中国博士后基金No.2015M582907、2016T91009联合资助 Supported by the National Key Basic Research Program of China2016YFC1200100;the Science and Technology Programs of Military15QNP035;the General Financial Grant from the China Postdoctoral Science Foundation.2015M582907 and 2016T91009

在线出版日期：2017-08-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：473-480