问号钩端螺旋体GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白生物信息学分析

摘要：

目的 分析问号钩端螺旋体(钩体)环二鸟苷酸(Cyclic dimeric-GMP,c-di GMP)调节相关的GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白生物信息学结果,为后续的功能研究奠定基础.方法 PSI BLAST方法分析编码GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白的基因;利用相应生物信息学软件对蛋白信号肽序列、跨膜序列、蛋白结构、同源性进行分析并构建目的蛋白进化树.结果 问号钩体中22个蛋白分别含有GGDEF或EAL/HD-GYP结构域,多数蛋白均有感受器结构域和跨膜区.7个具有PAS输入感受器的GGDEF结构域蛋白进化较为独立,位于单独的一个分支,其余6个GGDEF结构域蛋白则分散在不同的分支上.4个EAL结构域蛋白和2个HD-GYP结构域蛋白进化上也较为独立,分别处于同一进化分支.3个GGDEF和EAL结构域耦合的蛋白在进化关系上更趋向于PDE活性蛋白.结论 钩体具有多拷贝的合成和降解c-di-GMP相关蛋白编码基因,表明在钩体中c-di-GMP网络具有高度复杂性,同时反映出钩体对环境条件的改变具有复杂的应对机制.

关键词：问号钩端螺旋体、环二鸟苷酸、鸟苷酸环化酶、磷酸二酯酶

所属期刊栏目：32

分类号：R377(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家自然科学基金81271781;浙江省自然科学基金No.LY12H19007资助 Supported by the National Natural Science Foundation of China81271781;the Zhejiang Province Natural Science FoundationLY12H19007

在线出版日期：2016-08-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：109-113