两种分子分型技术在乳制品克诺罗杆菌污染溯源分析上的比较

摘要：

对2005-2006年进口婴幼儿配方奶粉等乳制品的原料及产品中分离获得的49株阪崎肠杆菌(Enterobacter sakazakii),通过二代测序技术获得其全基因组序列,并比较两种分子分型技术的优缺点.通过二代测序技术获得49个菌株的全基因组序列,通过fusA确定菌株种属,根据多位点序列分型(Multi-locus Sequence Typing,MLST)确定序列型(ST,Sequence type).再对32株ST13菌株进行单核苷酸多态性位点分析(single nucleotide polymorphism,SNP),并构建进化树.结果49株阪崎肠杆菌均确认为阪崎克罗诺杆菌(C.sakazakii).49株C.sakazakii由8个ST(Sequence type,序列型)组成.ST13的菌株占分离菌株的绝对优势(65.3％,32/49).ST13菌株的SNP结果显示32株菌被分成4个组和5个独立的菌株.表明随着高通量测序技术的不断完善,通过全基因组序列的MLST分型方法完成初步分型,而针对遗传相似性很高的菌株,应用SNP分析深入分型,能对被克罗诺杆菌属(Cronobacter spp.)污染的乳粉进行快速溯源,对全球疫情调查有重要意义.

关键词：阪崎克罗诺杆菌、全基因组测序、多位点序列分型、单核苷酸多态性位点

所属期刊栏目：46

分类号：Q93-331;Q933(微生物学)

资助基金：国家自然基金31671936;上海市自然基金16ZR1410900;上海市长三角科技联合攻关项目16395810100

在线出版日期：2018-12-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：13-17,20