长沙市柯萨奇病毒A2型和A5型全基因组序列特征分析

摘要：

目的 了解长沙市柯萨奇病毒A2型(coxsackievirus A2,CV-A2)和A5型(coxsackievirus A5,CV-A5)的序列分子特征及进化趋势.方法 采用二代测序技术获得CV-A2和CV-A5的全基因组序列,进行同源性和进化树分析,使用SimPlot查看毒株序列重组区域.结果 获得长沙市2019年手足口病常规监测病例中CV-A2和CV-A5毒株全基因组序列.CV-A2毒株命名为S281/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 422 bpo CV-A5毒株命名为S272/Chang-sha/CHN/2019,基因组全长7 425bp.CV-A2全基因组序列与国内CV-A2毒株进行同源性分析发现,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低.CV-A2毒株与原型株Fleetwood(NC038306)相比同源性为79.20％,与湖北省CV-A2毒株(MN419014)同源性最高为95.60％,但非结构蛋白3C和3D区同源性最低,分别为90.51％和92.06％.进化树分析发现3C和3D区位于CV-A4分支.非结构蛋白区新增多个氨基酸突变位点,结构蛋白区氨基酸序列保守.基因重组分析发现CV-A2毒株在3C和3D区存在重组现象.对CV-A5全基因组序列分析发现,与国内CV-A5毒株相比,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低.全基因组序列与CV-A5原型株Swartz(AY421763)相比同源性为80.7％,与澳大利亚毒株(MH111030)相比同源性最高为97.43％,进化树分析发现与MH111030位于同一分支,证明CV-A5为输入型毒株.CV-A5毒株结构蛋白区氨基酸序列保守.结论 长沙市CV-A2毒株为重组毒株,CV-A5毒株为国外输入型.本研究可帮助了解长沙地区CV-A2和CV-A5的全基因组特征,为了解柯萨奇病毒的进化趋势及遗传特征提供理论数据,以便及时有效地阻断疾病传播.

关键词：柯萨奇病毒A2型、柯萨奇病毒A5型、全基因组序列、基因重组、长沙

所属期刊栏目：22

分类号：R512.5(传染病)

资助基金：长沙市卫生计生委科研计划课题2019

在线出版日期：2023-01-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1073-1077,1091