长沙市诺如病毒暴发疫情中G Ⅱ.2[P16]型全基因组分子进化特征分析

摘要：

目的 对长沙市2020年急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒GⅡ.2[P16]型进行全基因组序列测定以及遗传进化特征分析.方法 采集2020年诺如病毒暴发疫情标本,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增开放阅读框(ORF)1和ORF 2连接区进行分型鉴定.GⅡ.2[P16]型阳性标本在二代测序Miseq平台进行测序.测序结果进行序列比对及进化分析.结果 2020年本市共发生诺如病毒暴发疫情29起,共采集标本277份,阳性检出率为44.04％(122/277).分型鉴定发现诺如病毒G Ⅱ.2[P16]型占比45.08％(55/122).从疫情分布月份和机构来看,9-12月为暴发高峰,疫情发生在幼儿园和学校占比89.66％(26/29).对53份G Ⅱ.2[P16]型ORF1和ORF2连接区序列进行进化树分析发现毒株处于多个分支,序列之间的同源性为98.5％～100％.对4株GⅡ.2[P16]型全基因组序列进行同源性比较发现毒株之间的同源性为98.5％～99.5％,与GⅡ.2[P16]2016-2017(KY771081)毒株同源性为97.9％～98.2％,进化树处于不同亚分支.RdRp区域氨基酸位点发生T396A和T464A突变,HBGA结合位点保守未发生突变.结论 长沙地区诺如病毒暴发疫情中以GⅡ.2[P16]型突变株传播为主,毒株由GⅡ.2[P16]2016-2017持续传播进化而来,并进化为另一个分支.本地区暴发的诺如病毒疫情主要发生在学校以及幼托机构,应持续加强对诺如病毒的监测.

关键词：诺如病毒、G Ⅱ.2[P16]型、全基因组序列、长沙市

所属期刊栏目：22

分类号：R373.9(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：长沙市自然科学基金No.kq2014018

在线出版日期：2022-06-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：445-449