HIV-1 B'亚型毒株感染者Nef蛋白氨基酸序列变异分析
目的 分析HIV-1 B'亚型毒株Nef蛋白重要功能区及CTL表位氨基酸序列变异特征.方法 从137例HIV-1感染者的血浆样本中提取病毒RNA,进行逆转录获得cDNA,再经巢式PCR扩增全长Nef基因并纯化测序.利用BioEdit、Mega6.0软件分析所获得的Nef基因重要功能区的氨基酸变异,并比较所获得的Nef基因共享序列与我国B亚型Nef共享序列及国际B亚型Nef共享序列的CTL表位情况.结果 HIV-1 B'亚型毒株Nef蛋白N端豆蔻酰化信号区、蛋白酶加工区、酸性区、Pak结合区、PxxP区等功能区氨基酸序列较为保守,但有3个功能区中存在变异率大于30％的氨基酸位点,其中长度可变区的21号密码子上的R被E//K/Q取代的变异率达56.21％(R21E 24.09％,R21K 19.71％,R21Q 12.41％),COPI结合区EE154-155的E154被K取代的变异率为32.85％,双亮氨酸基序ExxxLL160-165的S163被C取代率为30.66％.本研究所得的137条Nef蛋白的共享序列的CTL表位与我国HIV-1 B亚型的共享序列CTL表位一致,而与国际B亚型共享序歹列相比有两个肽段表位的氨基酸发生了变异.结论 HIV-1 B'亚型毒株Nef蛋白多数重要功能区及CTL表位的氨基酸序列较保守,但有3个功能区存在变异率大于30％的氨基酸位点,这种特性可能影响病毒致病作用.
HIV-1、Nef蛋白、功能区、CTL表位
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R512.91(传染病)
国家自然科学基金No.31411130194;“十二五”传染病防治研究项目No.2012ZX10001-008
2015-05-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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