一株利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组测序和序列比较
目的 研究利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组序列,并探讨与其它肠球菌序列的差异.方法 从1例男性急性白血病患者的气管分泌物中分离到粪肠球菌株Deng1(Eecalis Deng1).通过Illumina Hiseq2000和Roche454 FLX+进行高通量全基因组鸟枪法测序(high-throughput whole-genome shotgun sequencing).基因组Contigs和scaffolds通过Newbler汇编软件分析.基因组gap closures通过Sanger测序法确定.通过Phred/Phrap/Consed软件构建圆环型的基因组图,并通过软件Prokaryote Genomes Automatic Annotation Pipeline (PGAAP)进行基因组注释.参考序列和粪肠球菌Deng1基因组之间的系统发育分析(phylogenice analysis)通过muscle软件分析.结果 E.fecalis Deng1圆环形基因组包含2,961,043碱基对,GC含量37.5％.基因组含有2 854个编码序列(CDS),62个tRNA的编码基因,以及4个完整的rRNA基因编码的操纵子.E.fecalis Deng1基因组共有443个毒力因子.E.fecalis Deng1基因组致病岛(PAI)约170kb,含有编码溶细胞毒素、肠球菌表面蛋白Esp和Gls-24-样蛋白等的毒力因子,E.fecalis Deng1含有对链霉素高水平耐药的氨基糖苷类6-腺苷酰转移酶基因(aadK),以及与抗生素耐药相关的emea,lsa和tetM基因.结论 完成了一株粪肠球菌完整基因组的测序分析,加深了对LZD耐药流行菌株的认识.
粪肠球菌、利奈唑胺、高通量测序、全基因组序列、致病岛
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R515.9(传染病)
深圳市南山区卫生科技计划项目No.2012028;深圳市南山区卫生科技计划项目No.2012021;深圳市科技创新-知识创新计划项目No.45584896-4.
2014-11-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
1169-1171,1181
