基于生物信息学分析的结肠腺癌预后微小RNA的鉴定与预后预测模型构建

摘要：

背景与目的:结肠腺癌(COAD)是癌症相关死亡的主要原因之一,准确预测COAD患者预后,评估COAD生存风险因素尤为重要.微小RNA(miRNA)通过靶向下游mRNA广泛参与肿瘤生物学行为调控,已成为具有应用研究前景的标志物.本研究旨在通过生物信息学方法鉴定COAD预后miRNA并构建预后预测模型,为COAD预后判断和制订个体化治疗方案提供参考.方法:从TCGA数据库中下载COAD患者的临床信息以及miRNA-seq数据,获取差异的miRNA.利用单变量和多变量Cox比例风险回归模型获得关键预后miRNA,用多因素Cox回归模型构建风险评分计算公式.利用Kaplan-Meier方法分析高、低风险评分患者的生存状态;ROC曲线评估风险评分的敏感度及特异度,并且从样本中随机抽取50％的病例做内部验证.采用预后风险模型列线图模型确定COAD患者临床病理参数及风险评分.使用Targetscan及miRDB数据库对预后miRNA模型进行靶基因预测以及利用String数据库进行蛋白与蛋白互作网络分析.结果:差异表达分析获得320个miRNA,其中167个上调,153个下调.利用单变量和多变量Cox比例风险回归对差异的 miRNA 进行分析,发现 miR-503-5p、miR-335-3p、miR-185-5p、miR-4436b-5p、miR-125b-2-3p为COAD患者关键预后miRNA.结合风险评分的生存分析结果显示,高风险评分患者预后明显差于低风险评分患者(P=0.005 6),在随机抽取的内部验证组中也得到验证(P=0.014).1、3、5年风险评分模型ROC曲线下面积(AUC)分别为0.666、0.724、0.707,内部验证组分别为0.681、0.699、0.703.Cox回归分析显示,建立用于预测COAD患者预后预测列线图的一致系数为0.836.单因素和多因素Cox分析显示,在建模组及内部验证组中风险评分是COAD的独立预后因素(均P＜0.01).miRNA靶基因预测获得87个靶基因.蛋白与蛋白互作网络分析获得10个蛋白质互作的关键基因.结论:所建立COAD预后miRNA模型以及基于年龄、AJCC分期、T分期、放化疗以及风险评分等因素构建的列线图将较准确地预测COAD的风险,对鉴定高或低风险患者、精准预测预后及评估患者生存风险提供理论基础.

关键词：结肠肿瘤、微RNAs、比例危险度模型、列线图

所属期刊栏目：32

分类号：R735.3(肿瘤学)

资助基金：湖南省株洲市科技局创新型城市建设专项社会化出资基金资助项目;湖南省株洲市科技指导性计划基金资助项目

在线出版日期：2023-05-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：557-565