铜死亡相关基因在肝细胞癌中的表达及其临床意义

摘要：

背景与目的:肝细胞癌(HCC)是一种全球常见的恶性肿瘤,具有高复发率和高病死率.铜死亡是一种新型的程序性细胞死亡,涉及肿瘤细胞的增殖和生长、血管生成和转移.因此,本研究探讨铜死亡相关基因(CRGs)在HCC中的表达与预后的关系,并建立预后相关的列线图模型以及分析CRGs与HCC免疫细胞浸润的关系.方法:使用R语言"limma"包对TCGA数据库下载的HCC组织与正常组织的数据中CRGs进行差异表达分析;"clusterProfiler"包进行GO和KEGG分析;单因素Cox回归分析筛选与预后相关的CRGs,Lasso-Cox回归分析构建HCC中CRGs相关预后评分模型;"ggsurvplot"包以总生存(OS)为结局绘制Ka-plan-Meier 生存 曲线;"survival ROC"包绘制ROC曲线评估预后评分的准确性;"regplot"和"rms"包绘制列线图和校准曲线;利用TIMER数据库分析CRGs的表达与6种免疫细胞丰度之间的关系.结果:与正常组织相比,HCC组织19个CRGs中的16个有差异表达(上调:PDHB、PDHA1、MTF1、LIPT1、LIPT2、LIAS、GLS、DLD、DLST、DLAT、CDKN2A、ATP7A;下调:SLC31A1、GCSH、DBT、NLRP3);NLRP2的突变频率最高(12％).GO和KEGG分析表明,CRGs富集于三羧酸循环、碳代谢作用、丙酮酸代谢、糖酵解/糖异生和铂类药物耐药性等信号通路.基于单因素Cox回归分析和Lasso-Cox回归分析筛选出影响HCC预后OS的3个CRGs(CDKN2A、GLS、DLAT)作为预后生物标志物构建预后模型,并使用回归系数构建预后评分:风险评分=0.22×DLAT(表达水平)+0.11×CDKN2A(表达水平)+0.03×GLS(表达水平).Kaplan-Meier曲线显示,高风险评分HCC患者预后较差(P＜0.05),用风险模型的时间依赖ROC曲线评价模型预测性能,1、3、5年的AUC分别为0.741,0.657,0.633.将年龄、性别、T分期、N分期、M分期、病理分型、CDKN2A、GLS和DLAT纳入构建列线图,校准图显示列线图预测和实际观察之间有良好的一致性.GLS、DLAT和CDKN2A与HCC免疫细胞浸润呈正相关,并与免疫检查点PDCD1、CD274、HAVCR2明显相关(均P＜0.05).进一步分析表明,HCC组织中CDKN2A、GLS和DLAT表达越高,患者巴塞罗那病理分期越晚,组织学分级越差(均P＜0.05).结论:与铜死亡相关的基因特征可以作为HCC患者潜在的预后预测因子,并可能为HCC治疗提供新的途径.

关键词：癌、肝细胞、铜死亡、预后、列线图、免疫

所属期刊栏目：32

分类号：R735.7(肿瘤学)

资助基金：甘肃省人民医院国家级科研培育计划重点基金资助项目;甘肃省科技厅创新基地和人才计划基金资助项目;甘肃省科技厅科技计划重点研发计划基金资助项目;甘肃省卫生健康行业科研计划资助项目;甘肃省人民医院科技创新青年基金资助项目;甘肃省教育厅优秀研究生创新之星基金资助项目

在线出版日期：2023-03-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：74-86