鸡Wnt3a的SNPs筛选及其与皮肤毛囊密度性状关联分析

摘要：

[目的]Wnt信号通路在动物皮肤毛囊的发生发育中具有重要作用,前期研究结果表明Wnt3a可能是影响鸡皮肤毛囊密度性状的重要候选基因.为进一步验证Wnt3a在皮肤毛囊生长发育中的作用,研究以金陵花鸡为研究对象,筛选Wnt3a SNPs,并分析其与毛囊密度性状的相关性,以期找到对皮肤毛囊密度有显著影响的分子标记,为培育屠体美观的屠宰型肉鸡的"分子编写育种"提供参考.[方法]采用PCR扩增直接测序法对Wnt3a的SNPs位点进行筛查,分析单个SNP标记与皮肤毛囊密度性状的相关性.采用Haploview软件分析这些SNP位点的连锁不平衡(LD)程度,并分析不同单倍型组合与毛囊密度性状的相关性.[结果]共发现14个SNP位点,在第2外显子发现1个SNP位点(SNP1),为同义突变;第2内含子发现4个突变位点(SNP2—SNP5),在第3内含子发现9个SNP位点(SNP6—SNP14).卡方检验表明,第2外显子的1个突变位点(SNP1)和第2内含子的3个突变位点(SNP3—SNP5)的3个位点均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05),第3内含子的9个SNPs(SNP6-SNP14)偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05).SNP1—SNP5的He均小于0.50,PIC均小于0.25,这5个SNP位点遗传多样性较低.第3内含子的9个突变位点,SNP6、SNP7、SNP9位点PIC<0.25,其他6个突变位点0.25<PIC<0.5,为中度多态.单标记关联分析表明,公、母鸡SNP2位点的AG基因型的毛囊密度显著高于GG基因型(P<0.05);母鸡SNP8位点的AA与GG基因型的毛囊密度显著高于AG基因型(P<0.05),在公鸡中3种基因型的毛囊密度差异不显著.14个SNPs连锁不平衡分析表明,SNP3、SNP4和SNP5的强连锁产生了2种单倍型,H1(GAT)频率为0.882和H2(TCC)频率为0.118;SNP6—SNP13之间的强连锁产生了5种单倍型,其中H1(ACATTATC)和H2(ACGTCCCA),H3(ACGTTCCA),H4(GTGCTATA),H5(ACGTCCCC),单倍型频率分别为0.469、0.275、0.123、0.113、0.014.SNP3、SNP4和SNP5连锁产生的2种单倍型组合后产生了3种单倍型组合,关联分析发现在公、母鸡中3种单倍型组合的毛囊密度均差异不显著;将SNP6—SNP13连锁产生的5种主要单倍型组合后,公鸡有7种组合单倍型组合,毛孔数量差异不显著;母鸡有8种主要单倍型组合,其中H1H1(AACCAATTTTAATTCC)毛囊密度最大.SNP2和SNP8位点与皮肤毛囊密度显著相关,单倍型组合H1H1(AGAA)、H1H2(AGAG)为母鸡优势单倍型.[结论]筛选到Wnt3a的14个SNPs位点,其中,SNP2(rs2587721 G>A)和SNP8(rs2555967G>A)位点与毛囊密度显著相关,8个SNPs(SNP6—SNP13)位点处于强连锁不平衡,母鸡H1H1单倍型毛囊密度最大.Wnt3a的SNP2和SNP8位点的单倍型组合H1H1(AGAA)、H1H2(AGAG)和SNP6—SNP13连锁产生的H1H1(AACCAATTTTAATTCC)单倍型组合与母鸡毛囊密度显著相关,可以为鸡毛囊密度"分子编写育种"提供重要遗传信息.

关键词：鸡、Wnt3a、皮肤毛囊、SNP位点、连锁不平衡

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分类号：S828.2;S513;Q959.46+8

资助基金：江苏省农业重大新品种创制项目;扬州市现代农业项目;江苏现代农业肉鸡产业技术体系JATS2020357;现代农业产业技术体系建设专项;江苏省农业自主创新基金项目;江苏省自然科学基金;江苏省种业振兴揭榜挂帅项目

在线出版日期：2023-01-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：4769-4780