PSORA:一种基于高通量测序的T-DNA插入位点分析方法

摘要：

[目的]建立一种批量分析T-DNA插入位点的简单、有效的方法.[方法]提供一种基于高通量测序技术的T-DNA插入位点的分析方法,将其命名为PSORA:Parallel sequencing of one round amplicons.首先对一轮交错式热不对称PCR(TAIL-PCR)的扩增产物进行高通量测序,随后通过生物信息学分析T-DNA插入位点,该方法降低了TAIL-PCR过程中对特异性扩增的要求.PSORA中使用的引物一侧为简并引物,另一侧为T-DNA特异性引物.在特异性引物的5'端设计6 nt的样品标签(Barcode),用于标记不同的转化事件.所使用的5个转基因烟草株系(L1、L6、L9、L15和L19)由农杆菌介导质粒pBI121转化获得.此外,通过标准PCR对PSORA的结果进行验证.[结果]利用PSORA对5个转基因株系的T-DNA插入位点进行分析,结果显示,L6含2个插入位点(NW_015801367的36316 bp处和NW_015950898的42202 bp处),L9、L15和L19各含1个插入位点(L9的插入位点为NW_015943682的235969 bp处;L15的插入位点为NW_015802951的60529 bp处;L19的插入位点为NW_015863435的12188 bp处),L1的插入位点未能成功获取.对生物信息学分析结果进行PCR验证,含不同插入位点的转基因株系之间可互为阴性对照,野生型(WT)作为空白对照,结果表明,在各转基因株系中均得到与预期一致的特异性扩增,该结果验证了PSORA的有效性.[结论]PSORA是一种分析T-DNA插入位点的有效方法,可以同时分析多个插入事件,相对于传统的染色体步移方法更简便、快速.

关键词：染色体步移、T-DNA插入位点、转基因植物、高通量测序、交错式热不对称PCR

所属期刊栏目：55

分类号：Q812;Q943.2;S565.1

资助基金：国家自然科学基金31460466

在线出版日期：2022-09-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：2875-2882