控制桃粘/离核PG基因的BAC克隆筛选与序列分析

摘要：

[目的]控制桃果实粘/离核性状的多聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonase,PG)基因存在串联重复和大片段的缺失.本研究对粘核桃所处的F-M基因座序列特征进行分析,为开发相关分子标记提供依据.[方法]本研究利用构建的粘核桃单株'87-7-1'基因组的细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库,通过PCR筛选出含F-M基因座的阳性克隆,利用单分子纳米孔技术进行全长测序,并对BAC克隆中的插入片段进行基因注释、序列比对和生物信息学分析.[结果]利用已有桃品种的基因组重测序数据设计PCR引物,以BAC文库为模板,扩增F-M基因座上/下游稳定共有的序列,获得了扩增产物上/下游条带均为阳性的目标单克隆46-B-10.全长测序结果表明,BAC克隆的插入片段全长为111612 bp,GC含量为37.03％.利用基因同源共线性方法对Prunus_persica_v2.0桃参考基因组和BAC克隆之间的同源信息进行比对分析,确定了同源区域.而与已知的桃参考基因组(测序品种为'Lovell',离核)序列进行比对,发现只有5个基因(Prupe.4G261700、Prupe.4G261800、Prupe.4G261900、Prupe.4G262000、Prupe.4G262500)序列能比对到该单克隆全长的区域,而'87-7-1'在相应位置缺失了4个基因共34 kb,其中包括控制桃粘/离核的EndoPGF(Prupe.4G262200).[结论]与桃参考基因组测序品种'Lovell'相比,粘核桃单株'87-7-1'的F-M基因座缺失了EndoPGF,只有EndoPGM,本研究明确了粘核桃F-M基因座的结构变异情况,为粘/离核性状分子标记的开发奠定了基础.

关键词：桃;粘/离核;PG基因;BAC文库

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资助基金：国家重点研发计划;国家自然科学基金;河南省科技攻关项目

在线出版日期：2021-11-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：4396-4404