2017-2019年四川地区猪A群轮状病毒的分子流行病学调查

摘要：

[目的]通过对四川地区规模化猪场A群轮状病毒(RVA)的分子检测,从而了解RVA流行情况及分子特征,为猪RVA疫苗研制提供理论基础.[方法]2017-2019年从四川省14个地区40个猪场采集303份仔猪腹泻样本,用荧光定量RT-PCR方法调查RVA的分子流行率,用RT-PCR方法对RVA阳性样本进行分型和VP4和VP7全基因组的扩增,用RotaC2..0软件确定相应毒株的基因型,用MegAlign软件进行同源性分析,通过MEGA 7.0软件用邻近法构建系统进化树,用SimPlot和RDP4软件进行重组分析.[结果]303份仔猪腹泻样本检出RVA阳性样本98份,阳性率为32.34％(98/303,95％CI=27.1％-37.9％).从98份RVA阳性样本中扩增出39个VP7片段,G9为优势基因型(41％),G4、G5、G26和G3各占23％、28.2％、5.1％和2.7％.扩增出的59个P型中以P[13]型为主,占40.7％,其次为P[6]、P[23]和P[1]型,分别占30.5％、23.7％和5.1％.30株毒株成功鉴定出G/P基因型,G9P[23](23.3％)为优势组合基因型.其他基因型为G4P[6](16.7％)、G9P[13](13.3％)、G5P[23](10％).G5P[13](10％)、G9P[6](6.7％)、G26P[13](6.7％)、G4P[13](6.7％)、G4P[23](3.3％)和 G3P[13](3.3％).基因型 G5P[23]、G4P[13]、G9P[6]、G26P[13]和G4P[23]为国内首次鉴定.此外,重组分析表明4株毒株在VP7或VP4基因上存在重组现象.[结论]四川地区腹泻仔猪粪便中RVA的流行率高且基因型复杂,优势组合基因型为G9P[23].该结果丰富了四川地区RVA的流行病学资料,对四川地区猪RVA的防控提供了重要参考.

关键词：猪A群轮状病毒、分子流行病学、基因组研究、重组

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资助基金：国家自然科学基金;四川应用基础研究计划;西南民族大学中央高校基本科研业务费专项资金

在线出版日期：2021-04-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1063-1072