基于小RNA深度测序技术鉴定侵染广东辣椒的病毒种类

摘要：

[目的]病毒病是广东省辣椒生产上主要病害之一,田间病株率一般为5％-30％,严重时可达100％.本研究旨在探明危害广东辣椒的病毒种类,为辣椒病毒病的防控提供理论依据.[方法]2013-2016年,从广东省广州、佛山、惠州、江门、梅州、湛江、茂名和韶关8市辣椒主要种植区采集疑似病毒病辣椒样品125份,分别提取每份辣椒病样总RNA,对从茂名、梅州、韶关3市采集的病样按地点和症状混合成7份混合病样进行小RNA深度测序分析,根据小RNA深度测序分析结果,对每种病毒分别根据小RNA深度测序拼接的基因片段序列和GenBank数据库中与该拼接序列同源性最高的病毒基因组序列保守区设计2对特异性引物,以小RNA深度测序的病样RNA为模板进行RT-PCR扩增,根据扩增效果对引物进行筛选,进一步应用筛选出的引物,对采集于广东省的125份辣椒病样分别进行RT-PCR检测,根据检测结果明确危害广东辣椒的病毒种类.[结果]从采集于广东省8市的辣椒主要种植区的125份病样中检测到14种病毒,按照检出率从高到低依次为辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus,PMMoV)(44.0％)、甜椒内源RNA病毒(Bell pepper endornavirus,BPEV)(32.8％)、烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)(31.2％)、辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV)(29.6％)、辣椒黄脉病毒1(Pepper vein yellow virus 1,PeVYV-1)(26.4％)、甜椒斑驳病毒(Pepper veinal mottle virus,PVMV)(25.6％)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)(18.4％)、辣椒环斑病毒(Chilli ringspot virus,ChiRSV)(16.8％)、辣椒黄脉病毒6(Pepper vein yellow virus 6,PeVYV-6)(16.8％)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)(15.2％)、辣椒褪绿病毒(Capsicum chlorosis virus,CaCV)(14.4％)、蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2,BBWV-2)(9.6％)、辣椒隐症病毒1(Pepper cryptic virus 1,PCV1)(8.8％)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)(4.0％).其中,PMMoV、BPEV、TMGMV、ChiVMV、PeVYV-1和PVMV 6种病毒的检出率在25％以上,但PMMoV、ChiVMV和PVMV分布广泛,PMMoV除了茂名外,ChiVMV除了韶关外,其他7市辣椒产区均有分布;PVMV广泛分布于8市辣椒产区,根据检出率和分布范围,得出PMMoV、ChiVMV和PVMV是危害广东辣椒的优势病毒.同时发现,广东辣椒上多种病毒复合侵染现象普遍,在本研究125份病样中病毒复合侵染率达到88.0％,其中2种、3种、4种、5种、6种、7种和8种病毒复合侵染检出率分别为28.0％、25.6％、12.0％、9.6％、6.4％、1.6％和2.4％,由此可知,2种和3种病毒复合侵染是主要侵染形式.[结论]危害广东辣椒的病毒有14种,其中PMMoV、ChiVMV和PVMV为优势病毒,且复合侵染普遍,2种和3种病毒复合侵染是主要侵染形式.

关键词：辣椒病毒病、种类鉴定、小RNA深度测序、RT-PCR、广东省

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资助基金：国家重点研发计划2018YFD0201209;广东省科技创新战略专项资金重点领域研发计划2018B020205003;2017年省级现代农业产业技术推广体系建设项目2017LM4163

在线出版日期：2019-10-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：2256-2267