猪CBR1基因不同拷贝形式克隆及其多态性分析

摘要：

[目的]获得猪CBR1基因不同拷贝形式编码区序列,了解其序列特征,分析猪CBR1基因不同拷贝形式的多态性及其与繁殖性能间的相关性.[方法]以五指山猪睾丸组织的cDNA为模板,采用克隆测序技术获得猪CBR1基因不同拷贝形式编码区序列.利用DNASTAR对CBR1不同拷贝形式编码的氨基酸序列进行分析.利用DNAMAN软件分析猪CBR1基因不同拷贝形式间的同源性,及其与多个哺乳动物间的同源性.利用ExPaSy提供的Protparam在线软件分析猪CBR1基因不同拷贝的蛋白质理化特性.采集136头大白和47头长白繁殖母猪耳组织样,提取基因组DNA,采用PCR-测序检测猪CBR1基因不同拷贝形式的多态位点,分析其与繁殖性能的相关性.[结果]猪CBR1基因的3个不同拷贝形式均编码3个外显子,其编码区序列全长分别为870,870和846bp,其12—18位氨基酸残基均为保守的GlyXXXGlyXGly序列,符合CBRs家族的结构特性.同源性比对结果显示,CBR1基因不同拷贝形式的CDS序列同源性达87％以上,不同哺乳动物间的CBR1基因的CDS序列同源性达82％以上,可见哺乳动物CBR1基因在进化过程中比较保守.CBR1的3种不同拷贝形式编码蛋白质的理化特性较为相近,均不稳定,且为亲水性蛋白,说明其3个不同拷贝形式可能在体内发挥着类似的功能.多态性分析结果显示,拷贝V1中发现5个SNP位点,拷贝V2中发现4个SNP位点,拷贝V3中发现2个SNP位点.大白猪中,拷贝V1的启动子上游153 bp处的A/T突变和外显子3的379 bp处的C/T突变,拷贝V2上游10 bp处的AC插入突变、外显子1—63 bp处C/T突变和内含子1—76 bp处G/T突变与产活仔数显著相关.长白猪中的SNP位点则与繁殖性能不相关.[结论]获得了猪CBR1基因不同拷贝形式的编码区序列,发现了5个与大白猪经产仔数显著相关的SNP位点,CBR1基因可能作为有价值的候选基因应用于大白猪的繁殖性能选育.

关键词：猪、羰基还原酶1基因、重测序、de-novo组装

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资助基金：国家自然科学基金31201780;国家重大科学研究计划2015CB943101

在线出版日期：2018-06-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1607-1616