匍匐翦股颖接种立枯丝核菌后基因表达变化的转录组学分析

摘要：

[目的]确定匍匐翦股颖(Agrostis stolonifera)接种立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)后基因种类和表达量在转录水平的变化规律,明确草坪草病原菌侵染响应的关键基因.[方法]匍匐翦股颖生长14 d后采用麦粒培养物接种立枯丝核菌,接种3 d后选取感病叶片和未接种叶片提取RNA,进行转录组高通量测序,然后利用生物信息学分析,用Trinity组装匍匐翦股颖转录组,以组装子为参考,以|log2(fold change)|>1,q-value<0.005为阈值选取感病和健康匍匐翦股颖叶片转录组的差异表达基因,并用iTAK软件分析其转录因子家族及表达变化,与植物R基因库进行blast分析R蛋白分类、利用Mapman软件分析生物胁迫信号通路相关基因的表达变化.[结果]高通量测序得到125253092条高质量待分析reads.经Trinity从头组装后,得到466761条转录本.过半数的转录本长度为700 bp以上,组装结果N50=1100 bp.使用CD-HIT选择334212条转录本(所有转录本的71.60%)作为Unigene,平均长度573 bp,N50=791 bp.接种后植物比接种前植物基因有7937个上调表达,1570个下调表达.上调基因中296个,下调基因有142个都可被定义为转录因子,分布在58个转录因子家族中,其中锌指蛋白包含转录因子C2H2最多,有54个,C3H次之,为22个.差异基因中451个可定义为植物R蛋白表达基因,可分为33类,其中包含NBS-LRR结构域的抗病蛋白、LRR受体蛋白激酶、ABC-2类型的转运蛋白、U-box结构域蛋白激酶和热激蛋白这5类基因变化最显著.差异基因中大量上调表达基因可富集在病原识别、活性氧消除、信号传导、细胞凋亡、病程相关蛋白等生物胁迫相关基因类别,下调基因显著富集在植物生长发育相关类别和通路.qRT-PCR验证了随机挑选差异基因的表达量变化,均与RNA-seq分析结果一致,其中包括12个C2H2转录因子基因,10个C3H转录因子基因,以及12个R蛋白基因.[结论]病原菌侵染后,引起匍匐翦股颖大量基因表达变化,其中转录因子、R蛋白以及抗性相关基因多为上调表达,作用为抑制病原菌扩散,而生长发育相关基因表达下调,这些进程共同使匍匐翦股颖产生对立枯丝核菌的先天基础抗性.

关键词：匍匐翦股颖、立枯丝核菌、转录组、差异表达基因、抗病机制

所属期刊栏目：50

分类号：S68;S66

资助基金：国家自然科学基金31360583

在线出版日期：2017-11-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：3323-3336