中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区SNP多态与临床乳房炎和生产寿命的关联分析

摘要：

[目的]探讨中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区SNP突变与临床乳房炎和生产寿命的相关性. [方法]根据CXCR1基因编码区序列,利用PCR-直接测序法对低SCS和高SCS样本各20个样本进行SNP筛查,最后对所选择的4个SNP位点利用飞行质谱法对866头中国荷斯坦牛进行检测,同时收集所检测牛只临床乳房炎和生产寿命等信息,利用多因素方差分析法、Logistic回归、Cox生存回归等方法分析以上SNP位点突变与临床乳房炎发生次数和生产寿命的相关性.[结果] CXCR1基因编码区共发现1 3个SNP位点(291C＞T、333 C＞G、337 A＞G、365 C＞T、570 A＞G、642 A＞G、735 C＞G、816 A＞C、819 A＞G、980 A＞G、995 A＞G、1008 C＞T和1068 A＞G),分为4个连锁群,随后从每个连锁群中各选择1个SNP位点(642A＞G,81 6A＞C,980 A＞G和1068 A＞G),利用飞行质谱法对大样本中国荷斯坦牛进行检测.4个SNP位点共有9种单倍型,其中单倍型GAGG频率最高(0.3141),而单倍型ACAA频率最低(0.0017).CXCR1-642与2胎牛患临床乳房炎次数有显著相关(P＜ 0.05),AG基因型个体2胎奶牛患临床乳房炎次数显著高于AA基因型(P＜0.05),CXCR1-816 AA基因型个体3胎奶牛患临床乳房炎次数显著低于AC和CC基因型(P＜0.05),其它SNP位点与各胎次临床乳房炎发生次数均无显著相关(P＞ 0.05).CXCR1-816与奶牛离群月龄有极显著相关(P＜0.01),与奶牛生产月龄和离群胎次有显著相关(P＜0.05),CXCR1-816 AA基因型个体生产月龄、离群月龄和离群胎次均显著高于CC基因型个体(P＜0.05),而其它SNP位点对生产月龄、离群月龄和离群胎次均无显著相关(P＞ 0.05).Cox生存分析表明:只有CXCR1-816位点与奶牛生存时间有显著相关(P＜0.05),CXCR1-816 CC基因型个体在各时间段的生存概率均低于AA和AC基因型个体. [结论]CXCR1-816 A＞C突变与中国荷斯坦牛患临床乳房炎次数和生产寿命有显著相关,在进一步验证其功能后,可用于中国荷斯坦牛生产寿命的分子标记辅助选择.

关键词：中国荷斯坦牛、CXCR1、SNP、临床乳房炎、生产寿命

所属期刊栏目：50

分类号：S82;R58

资助基金：国家自然科学基金31372286;江苏省优势学科;江苏省企业研究生工作站资助

在线出版日期：2017-11-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：2359-2370