人参单一基因微卫星标记的分析

摘要：

[目的]利用人参单一基因(unigene)序列,研究人参转录区SSR的分布特征;开发单一基因微卫星(UGMS)标记,并比较人参UGMS与基因组SSR标记(G-SSR)在分布频率、多态性及通用性等方面的不同,为人参等五加科药用植物的鉴定、遗传图谱的建立等研究奠定基础.[方法]利用NCBI公共数据库的7649条人参EST序列,筛选出含有SSR的单一基因序列,并分析人参SSR的分布;根据这些序列以及包含SSR的人参基因组序列合成的引物扩增人参不同品种和其它五加科植物.[结果]检测到总长度为2.72 Mb的4869个单一基因.其中,488个单一基因分布有724个SSR,占人参EST的10.02%,SSR的分布密度为3.75 Kb.一至三核苷酸重复分布频率分别为29.28 0、48.06%和19.06%.非编码区和编码区重复序列分别以AT/TA和AAG/CTT为主.在合成的100对UGMS和44对G-SSR引物中,分别有86和44对能够扩增出人参的PCR产物,其多态率分别为42.0%和43.2%.人参UGMS对五加科西洋参、三七和刺五加植物的通用性分别为100%、87.2%和75.6%;G-SSR分别为95.5%、72.7%和40.9%.[结论]人参基因中SSR发生频率较高,并以二核苷酸重复为主.不同基因区域内的SSR分布具有非随机性.UGMS在揭示种内多态性方面不及G-SSR,但具有较高的种间通用性.

关键词：人参、单一基因微卫星、基因组SSR

所属期刊栏目：44

分类号：S511(禾谷类作物)

资助基金：国家自然科学基金30771468

在线出版日期：2011-12-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：2650-2660