烟草钾转运体基因TPK1的电子克隆及生物信息学分析

摘要：

”目的”克隆烟草钾吸收转运基因,分析其亲缘关系,并预测其结构、性质与功能,为烟草钾转运体基因的功能研究提供基础.”方法”以利用RACE技术克隆出的烟草钾转运体基因片段的3”端序列为探针,对烟草EST数据库进行搜索,筛选与探针同源性在95%以上的EST序列,再利用DNAStar软件进行拼接.然后,应用多种生物信息学数据库和软件,对获得的烟草钾转运体基因全长cDNA序列进行结构、性质和功能预测.”结果”获得烟草钾转运体基因(TPK1)的cDNA全长.该基因所编码蛋白质的分子量为26.21 kD,理论等电点pI为9.72.该蛋白质是一个疏水膜蛋白,包含6个明显的跨膜螺旋拓扑结构,在二级结构中,共包含11个α-螺旋和16个β-折叠.在亚细胞水平,TPK1定位于质体、液泡及内质网上.在氨基酸序列上,TPK1含有信号肽剪切位点及丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸激酶磷酸化位点.在功能方面,TPK1包含典型的K+吸收转运功能保守域,并且与主要的高等植物K+吸收转运基因具有较高的同源性.Northern杂交结果显示,TPK1在茎、叶及花器官中均有表达.”结论”成功克隆了烟草K+吸收转运基因TPK1,该基因与K+在烟草内的运输有关,其确切功能有待进一步验证.

关键词：烟草、钾转运体基因、生物信息学、Northern杂交

所属期刊栏目：44

分类号：S5(农作物)

资助基金：国家植物生理生化重点实验室开放课题PPB08008

在线出版日期：2011-04-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：28-35