3种DNA提取方法对养殖池塘不同生境菌群PCR-DGGE分析的影响

摘要：

比较3种DNA提取方法(溶菌酶法、CTAB法及珠磨法)对养殖池塘几种生境(底泥、饲料、草鱼肠道内容物及肠道壁)菌群PCR-DGGE分析的影响.结果表明,以3种提取方法获得的DNA为馍饭均能进行16SrDNA V3区特异性片段扩增;但不同DNA提取方法对池塘不同生境菌群DGGE指纹图谱存在显著影响.DGGE指纹图潜显示草鱼肠道内容物菌群(溶菌酶法)与肠道壁菌群(溶菌酶法)存在较高一致性,底泥菌群(CTAB法)及饲料菌群(溶菌酶法)与鱼体肠道菌群(包括内容物菌群和肠道壁菌群)则存在日明显差异,但肠道菌群与底泥菌群的相似度相对更高.研究提示采用微生物分子生态学工具对养殖池塘小同生境进行菌群结构分析时,需提前优化DNA提取方法;在以投饲为主的养殖鱼塘中,草鱼肠道菌群更多源自于池塘底泥.

关键词：养殖池塘、菌群、PCR-DGGE

所属期刊栏目：11

分类号：S962.3+2(水产养殖技术)

资助基金：国家高技术研究发展计划（863计划）;天津市农业科技合作项目

在线出版日期：2009-05-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：73-79