鸡肌肉发育相关miR-133a-5p分析和关键靶基因筛选

摘要：

为筛选miR-133a-5p影响鸡肌肉发育的关键靶基因,本研究利用在线数据库预测miR-133a-5p靶基因,并对靶基因进行富集分析和构建蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络,寻找网络图中有意义的模块.通过单因素方差分析,比较分析肌肉和其他组织中的miR-133a-5p表达量;再依据microRNA与靶基因负相关的作用机制,将miR-133a-5p靶基因与肌肉中相对下调基因取交集,筛选关键靶基因.最后,通过RNA22 v2对筛选结果进行评估.结果表明:1)共获得157个靶基因;2)GO富集分析显示,靶基因参与多个生物合成过程的调控和代谢过程;KEGG富集结果包括MAPK信号通路等多种信号通路,也包括肌动蛋白细胞骨架等与肌肉发育直接相关的通路;3)PPI网络图共筛选到4个有意义模块,涉及17个基因;4)miR-133a-5p在肌肉中表达显著上调(相对肺、肝脏和肾脏),与肌肉相对下调基因取交集后,筛选到SOX5(SRY-box 5)、PRTFDC1(Phosphoribosyl transferase domain containing 1)、THRB(Thyroid hormone receptor beta)、THBS2(Thrombospondin 2)和ARRDC3(Arrestin domain containing 3)5 个基因;5)在 GSE93855 的表达谱中,PRTFDC1 和 THRB 在肌肉中表达量最低,而RNA22 v2评估结果显示,仅SOX5和THRB存在P＜0.05的结合位点.综上,miR-133a-5p很可能是通过SOX5、PRTFDC1、THRB、THBS2和ARRDC3影响肌肉发育,其中SOX5和THRB尤为重要.本研究为进一步研究鸡miR-133a-5p提供了理论基础和数据支撑.

关键词：鸡、肌肉、miR-133a-5p、生物信息学

所属期刊栏目：28

分类号：S831(家禽)

资助基金：国家自然科学基金;安徽省教育厅高校自然科学研究重点项目;高校优秀青年人才支持重点项目;教育部卓越工程师教育培养计划项目产学合作协同育人项目;安徽省重点研究与开发计划项目

在线出版日期：2023-07-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：172-182