基于SNP和表型性状的籼稻种质资源遗传多样性研究

摘要：

为探究籼稻表型性状遗传多样性信息,以198份籼稻种质资源为试材,进行SNP分子标记和表型性状分析,结果表明:通过2种简化基因组测序技术从198份样本中共识别91 421个SNPs,杂合位点占5.85％.基于Nei's的遗传距离在0.014～0.596,平均遗传距离为0.284.Bayes算法把198个样本聚为3个亚类.91 421个SNPs构成的总变异中,前3个主成分可分别解释群体变异的10.98％、10.47％、4.81％.15个表型性状的平均变异系数和平均多样性指数分别为30.33％和1.95.15个表型之间的相关性系数在-0.55～0.92.15个表型性状的前3个主成分可分别解释群体变异的29.44％、16.63％、10.59％,对第一主成分贡献大的性状包括穗长、株高、穗总粒数、播始历期、穗实粒数、叶长、垩白粒率和垩白度,8个性状对第一主成分的贡献值绝对值都在0.6以上,是籼稻表型性状变异的主要因素.基于表型的前5个主成分反映总信息量的73.003％,前2个主成分将198份资源分为2个亚组.Mantel检验表明,SNPs和表型性状的遗传距离矩阵之间的r为0.041.综上,SNPs和15个表型性状的多样性分析之间相关性很低,SNPs聚类比表型性状聚类更接近系谱分析.秦巴地区198份籼稻种质资源SNPs构成的群体遗传结构相对简单.表型性状变异较丰富,多样性程度高,群体间性状差异显著.综上,穗长、株高、穗总粒数、播始历期、穗实粒数、叶长、垩白粒率和垩白度这8个性状可作为秦巴地区籼稻种质资源表型性状的综合评定指标.

关键词：籼稻、表型性状、遗传多样性、群体结构、SNP

所属期刊栏目：28

分类号：S511.21(禾谷类作物)

资助基金：陕西省科学技术厅科技成果转移与推广计划-百项科技成果转化行动项目2022CGBX-01

在线出版日期：2023-07-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：80-93