在葡萄果实发育Ⅰ、Ⅲ期差异表达的SWEET基因家族成员的生物信息学分析

摘要：

为探索SWEET基因家族在葡萄果实发育中的表达与功能,以本实验室完成的酿酒葡萄品种赤霞珠Ⅰ期和Ⅲ期果实的转录组数据为基础,筛选出在Ⅰ期和Ⅲ期表达量存在显著差异的9个SWEET基因家族成员,利用生物信息学工具,对这9个基因的基因结构、蛋白的基本理化性质、二级结构、亚细胞定位、保守基序和序列同源性等进行预测分析,并利用实时荧光定量PCR (qPCR)技术对分析结果进行验证.基因组定位结果发现这9个SWEET基因分布在7条染色体上,蛋白序列可分成4个亚族.不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;二级结构预测结果显示,这9个SWEET基因的氨基酸序列以a-螺旋和无规则卷曲为主要组成部分;基因结构分析表明,除VvSWEET4含有4个内合子,其余8个均含有5个内含子;对9个SWEET基因家族成员蛋白的亚细胞定位预测分析表明:它们大多定位在质膜、叶绿体类囊体膜和液泡膜上;QPCR结果表明,在Ⅰ期和Ⅲ期差异表达的9个SWEET基因家族成员中,5个基因上调表达,4个基因下调表达,与转录组分析结果一致.

关键词：葡萄、SWEET基因家族、生物信息学分析、QPCR

所属期刊栏目：21

分类号：S663.1(果树园艺)

资助基金：国家自然科学基金项目31171939

在线出版日期：2016-12-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：24-33