10.13938/j.issn.1007-1431.20210291
柑桔几丁质酶基因家族的结构、分类与进化分析
植物的几丁质酶与其抗病能力、防御反应和生长发育密切相关.通过检索华中农业大学公布的柑桔基因组数据网站,发现了 32个几丁质酶基因,使用生物信息学软件对这些基因进行分子量、等电点、信号肽、细胞定位、转录谱、保守结构域、系统发育树等方面进行研究.结果表明,该家族基因中有26个成员在染色体上的定位明确,其余6个的位置尚未确定.这些几丁质酶基因家族成员的蛋白分子量、氨基酸残基和等电点分别在14.8～72.7 kDa、134～636个和4.53～9.21之间.除3个预测蛋白不含信号肽外,其余29个均含有信号肽;在有信号肽的蛋白中,23个蛋白定位在细胞外,6个横跨细胞膜.这些基因在花、叶、果实和愈伤等组织中转录水平相差巨大,有的在几种组织中转录水平都很高,有的在不同组织中转录水平相差很大,有的在所有组织中表达量都很低.用最大似然法对蛋白序列构建系统发育树,结合保守结构域的分析结果,可将这些几丁质酶基因分为4类.第1类的5个编码蛋白都有信号肽且定位在细胞外,含GH18几丁质酶结构域,且有糖基水解酶的功能;第2类的10个编码蛋白都是有信号肽的跨膜蛋白,也有GH18几丁质酶结构域,还有一个丝氨酸/苏氨酸激酶的结构域;第3类的16个编码蛋白都有信号肽且定位在细胞外,有GH19几丁质酶结构域,同时具有溶菌酶的活性;第4类,仅有1个基因(orange1.1t00476.1),编码的是无信号肽的跨膜蛋白,有GH18几丁质酶结构域,同时具有糖基水解酶的功能,此外还含有抗病蛋白中常见的PPR重复结构域.
柑桔、几丁质酶、基因家族
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S852.65;Q78;R373.2
2023-02-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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16-21
