基于泛癌分析法的WASH基因亚型在肿瘤中的意义

摘要：

目的:利用泛癌分析法初步探讨WASH2P、WASH3P、WASH4P、WASH6P、WASH7P、WASH8P、WASH9P在33种癌症中的意义.方法:从TCGA数据库下载33种癌症的转录组数据,利用Perl软件提取WASH2P、WASH3P、WASH4P、WASH6P、WASH7P、WASH8P、WASH9P在33种癌症中的表达水平.采用R软件的limma包鉴定部分肿瘤类型(癌旁样本≥5)中的差异基因,结合TCGA的临床信息,利用Kaplan-Meier和Cox分析WASH亚型的临床预后意义.通过ESTIMATE包探讨WASH与肿瘤免疫浸润微环境的相关性,结合TCGA数据,分析WASH亚型与干细胞指数、免疫亚型间的相关性.最后,分析WASH亚型与单个肿瘤的免疫亚型、干细胞指数、临床分期及肿瘤免疫浸润微环境间的关系.结果:WASH3P和WASH8P在33种癌症类型中总体表达水平相对其他亚型呈高表达.WASH基因亚型在大部分肿瘤中(癌旁样本≥5)显著差异表达,共同协作影响肿瘤进展.生存分析显示其与多种癌症的预后相关(P<0.05).在大部分肿瘤中,WASH基因亚型与肿瘤干细胞指数呈正相关.WASH基因亚型在C6免疫亚型中低表达,在C1～C4中等水平表达,在C5中高表达.WASH基因亚型表达水平越高,免疫成分、基质成分越少.单肿瘤分析结果显示,在部分单个肿瘤中,WASH基因亚型与TNM分期、免疫亚型、肿瘤微环境、干细胞指数存在相关性.结论:WASH在肿瘤发生发展中扮演重要角色,有望成为多种类型癌症的临床评估标志物.

关键词：WASP和SCAR同源物、泛癌、肿瘤微环境、干细胞指数、生物信息学

所属期刊栏目：39

分类号：R734.2(肿瘤学)

资助基金：温州市科技局项目Y20210877

在线出版日期：2023-09-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1893-1900